3月9日，美國陸軍在巴林發射了一枚MIM-104「愛國者」遠程防空飛彈系統，造成數十名平民傷亡。米德爾伯里國際研究學院的研究人員證實了先前的評估，即造成傷亡的飛彈是從位於錫特拉島馬哈札社區西南約7公里處的一處美軍飛彈發射陣地發射的。美國和巴林政府消息人士最初將傷亡歸咎於伊朗無人機攻擊。這份報告加劇了圍繞美國領導的對伊朗戰爭中使用「愛國者」系統的爭議。這場戰爭始於2月28日，當時美國和以色列軍隊對伊朗發動了全面進攻，旨在武力推翻伊朗政府。 

一枚飛彈飛越巴林首都里法

在衝突爆發初期，卡達部署的「愛國者」飛彈防禦系統 屢次未能 攔截伊朗彈道飛彈。錄影畫面顯示，系統發射了三枚攔截彈，而非通常的兩枚，這表明他們意識到攔截成功率低於預期。 3月中旬，一艘途經阿曼灣的民用船隻上的船員拍攝到兩枚伊朗彈道飛彈擊中阿聯酋富查伊拉港的石油設施，當地部隊試圖使用「愛國者」飛彈系統進行攔截，但同樣使用了三枚攔截彈，也未能成功。 PAC-3型攔截彈的單價約為400萬至600萬美元，而出口到阿拉伯世界的客戶通常支付接近600萬美元，這意味著每次攔截伊朗短程飛彈的成本（單程低於40萬美元）高達約1800萬美元。

愛國者飛彈發射器（右）和阿聯酋在伊朗飛彈襲擊富查伊拉期間的攔截失敗嘗試

自衝突爆發以來，美國及其戰略夥伴的區域防空網路能力已嚴重削弱。伊朗的精確打擊摧毀了 美國 境外唯一部署在卡達的AN/FPS-132雷達，以及約旦和阿聯酋「薩德」系統上的兩部AN/TPY-2雷達，此外還摧毀了多套低價值雷達系統。美國陸軍的「愛國者」飛彈攔截器庫存早在對伊朗發動攻擊時就已嚴重不足，並於2025年中期確認僅剩 五角大廈 所需數量的25%。為了加強在中東的部署，美國已從世界各地（尤其是韓國）的基地撤回了攔截器和整套防空系統，這項撤軍行動發生在襲擊伊朗之前的幾個月以及之後的幾週內。